建築確認や違反建築物に対する是正命令など、建築行政全般を司る行政機関。
建築主事を置く市町村の区域ではその長を、その他の市町村の区域では都道府県知事を特定行政庁という。
人口２５万人以上の市は、その長の指揮監督の下に必ず建築主事を置かなければならない。
人口２５万人未満の場合は、都道府県と協議して決める。
特定行政庁には建築基準法に関する全ての事務を扱う「一般特定行政庁」と、一部の事務に限定された「限定特定行政庁」がある。